Arbetet leds av en verkställande direktör, som till sin hjälp har en stab med uppgift att stödja vd, styrelsen och bolagets ledningsfunktion. Staben ansvarar för ägarrelationen och kontakten med den politiska organisationen. Press och mediafrågor tillhör också staben.
På SL finns sju avdelningar: Vd-stab, HR, Juridik och internrevision, Strategisk utveckling, Verksamhetsstyrning och ekonomi, Projekt samt Trafikförsörjning.

Företagsledningen
I SL:s ledningsgrupp sitter: vd Anders Lindström, Sara Catoni, Ragna Forslund, Suss Forssman Thullberg, Björn Holmberg, Niklas Personne, Jens Plambeck samt Johan von Schantz.
Adjungerade: Lars Ericsson, SL, Jan Hamrin, SL, Kristina Boström, Waxholmsbolaget, Åsa Enrot, Färdtjänsten.